Paralelismo Dataflow em Geometria de Distâncias Moleculares Intervalares

Sandro P. Vilela, Leandro A. J. Marzulo, Felipe M. G. França

Resumo


O Problema de Geometria de Distâncias (DGP, Distance Geometry Problem) tem sido objeto de muita pesquisa, possui várias aplicações, tais como na localização em redes de sensores, no reconhecimento de imagens, nas predições de estruturas moleculares, entre outras, [1]. O DGP consiste na determinação das coordenadas de um determinado conjunto de pontos, a partir de algumas distâncias conhecidas entre os pares desses pontos [5]. Quando as distâncias entre alguns destes são dadas por intervalos, temos a versão intervalar do problema. Para o DGP relacionado a proteı́nas e empregando-se distâncias intervalares têm se o Interval Discretizable Molecular Distance Geometry Problem (iDMDGP). Neste trabalho iremos tratar da aplicação do iDMDGP para a reconstrução de estruturas tridimensionais de proteı́nas, através de dados (intervalares) que simulam medidas experimentais obtidas por Ressonância Magnética Nuclear. Empregaremos, para isto, uma abordagem paralela para o iDMDGP, baseada no modelo de execução Dataflow, o qual, tem se mostrado uma boa opção para a programação paralela, [4].


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