Desenvolvimento de uma Metodologia Baseada em Matriz de Distâncias para a Verificação de Similaridades de Proteı́nas

Otaviano Martins Monteiro, Sandro Renato Dias, Thiago de Souza Rodrigues

Resumo


Várias proteı́nas possuem a sua estrutura tridimensional armazenada no Protein Data Bank (PDB). Dentre os softwares que trabalham com informações extraı́das do PDB está o LSQKAB. Este software calcula a diferença de distâncias entre pares de átomos de duas estruturas proteicas. O seu uso torna-se lento ao comparar diversos registros. Neste trabalho, desenvolvemos uma metodologia baseada em matriz de distâncias, visando o agrupamento de registros, conforme as similaridades dos valores de distâncias atômicas. Avaliamos a precisão desta metodologia, utilizando o LSQKAB como referência, bem como avaliamos o tempo de execução e o consumo de memória RAM. Os experimentos foram rea- lizados com arquivos de interações de resı́duos de uma mesma proteı́na e os resultados foram comparados com o atomic Cutoff Scanning Matrix (aCSM) e com a técnica de busca da ferramenta Residue Interaction Database (RID). A metodologia apresentada obteve resultados interessantes diante das outras técnicas, obtendo por exemplo, uma maior precisão.


Palavras-chave


Agrupamentos, LSQKAB, Matriz de Distâncias, Proteı́nas

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DOI: https://doi.org/10.5540/03.2020.007.01.0369

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