Apresentamos duas estratégias de para mitigação de erros numéricos em algoritmos iterativos que usam apenas informações locais para o problema de geometria de distâncias moleculares. Além disso, realizamos experimentos numéricos em instâncias construídas a partir de proteínas reais, envolvendo milhares de átomos, e mostramos que as estratégias propostas conjugadas em um novo algoritmo BuildUpOpt são capazes de resolver instâncias de grande porte.